Внаслідок ретельних повторних розглядів записів наукових директорією DOAJ було виявлено докази того, що такі видання пов'язані із видавництвом «Наукові журнали» (Scientific Journals Publishing House), яке наразі виключене з DOAJ у зв’язку з виявленням порушень керівництв DOAJ, їх політики прозорості та належних практик наукового видавництва, а також релевантних рекомендацій та керівництв Комітету з публікаційної етики (COPE).
За цим видавництвом були визначені прояви наступної недоброчесної поведінки, зокрема:
- гарантована публікація у наукових виданнях, індексованих у Scopus та Web of Science, без дотримання належних процедур рецензування;
- фабрикація авторства та практика написання статей «на замовлення» (ґострайтинг);
- маніпуляції з цитуваннями;
- зв’язок з мережею «фабрик статей» у Східній Європі та Центральній Азії
– «Науковий Альянс» (Scientific Alliance) та ТОВ «Наукові публікації» (LLC Scientific Publications).
У переліку виключених наукових видань директорії DOAJ:
1) Вісник Черкаського державного технологічного університету (ISSN 2708-6070) (засновник – Черкаський державний технологічний університет);
2) Збірник наукових праць Черкаського державного технологічного університету: Серія: Економічні науки (ISSN 2306-4420) (засновник –Черкаський державний технологічний університет);
3) Економічний форум (ISSN 2415-8224) (засновник – Луцький національний технічний університет);
4) Екологічна безпека та збалансоване ресурсокористування (ISSN 2522-9508) (засновник – Івано-Франківський національний технічний університет нафти та газу);
5) Theory and Practice of Physical Culture and Sports (ISSN 2786-6424) (засновник – Університет Григорія Сковороди у Переяславі);
6) Економічний вісник університету (ISSN 2414-3774) (засновник – Університет Григорія Сковороди у Переяславі);
7) Scientia et Societus (ISSN 2786-6327) (засновник – Університет Григорія Сковороди у Переяславі);
8) Професійна освіта: методологія, теорія та технології (ISSN 2415-3737) (засновник – Університет Григорія Сковороди у Переяславі);
9) Мистецтвознавчі записки (ISSN 2226-2180) (засновник – Національна академія керівних кадрів культури і мистецтв).
Також 3 червня 2025 року, Scopus оприлюднив нове оновлення бази. У межах оновлення офіційно було виключено 5 журналів:
1) International Journal of Disabilities Sports and Health Sciences
2) Journal of Commercial Biotechnology
3) Journal of Neonatal Surgery
4) Narra J
5) Vide. Технологія. Resursi – Environment, Technology, Resources
За 
посиланням можна переглянути також перелік журналів, які найближчим часом можуть втратити індексацію у Scopus та журнали, які вже втратили індексацію у Scopus.